Sheppardův tým se nachází v jumperu, když najednou přestanou fungovat veškeré systémy. Po příletu na Atlantidu se stejné věci začínají dít i tam, a tak se McKay snaží obnovit zpět energii. Poté zjistí, že Koracen, replikátorský vědec v týmu dr. Weirové, přišel na způsob, jak dosáhnout digitálního ekvivalentu povznesení. Replikátoři by tak mohli existovat jako čistá energie v subprostoru, což jim dovolí volný pohyb po galaxii. Když se John snaží dostat do uzamčené části města, objeví se ve dveřích F.R.A.N. - replikátorská žena vytvořená dr. McKayem v minulém roce. Ta tvrdí, že je Elizabeth Weirová...