C'est une bien étrange alliance que conclut Coulson avec Ward dans le but de duper Hydra et retrouver Skye. Celle-ci accompagne son père dans son ancien cabinet, bientôt rejointe par Lincoln, en charge de sa sécurité. Tous vont se retrouver au sein du conflit opposant les deux factions du S.H.I.E.L.D. ainsi qu'Hydra…