L'esecuzione di Lincoln viene sospesa alcuni istanti prima dell'ora stabilita: dopo aver ricevuto da un uomo misterioso un documento che suggerisce che l'uomo tumulato come Terrence Steadman non è lui, il giudice Kessler ha deciso infatti di far rimandare la condanna di due settimane in attesa che vengano rieseguiti gli esami autoptici sulla salma. Intanto Lincoln è convinto di aver riconosciuto tra le persone presenti alla sua esecuzione il padre e un ricordo della sua infanzia non fa che avvalorare la sua ipotesi. Michael è deciso a trovare un nuovo modo per portare il fratello fuori dal Fox River attraverso l'edificio riservato ai malati di mente. Durante il ritorno alla cella, per non farsi scoprire da una guardia, si ustiona però gravemente ad una spalla: le planimetrie di quella parte della prigione sono perse.