Dopo tre settimane dalla morte del padre Dan è ancora in città e comincia a frequentarsi con Elliot e J.D. non è molto contento di ciò. Il Dr. Cox vuole far capire alla dottoressa Clock che non tutti sono buoni. Carla rifiuta il posto di supervisore amministrativo offertole da Kelso per stare vicino al marito, però Turk in cambio di una seconda possibilità per la moglie si offre per disinfestare la soffitta di Kelso da un pipistrello. Nonostante questo Carla rifiuta una seconda volta il posto. Cox e Kelso si alleano per cercare di far capire a Molly che il mondo non è sempre fatto di gentilezze e amore, ma alla fine i due non ci riescono e vanno a scusarsi con la stessa Molly per i loro scherzi demoralizzanti. Questa però aveva già capito tutto e va al matrimonio di sua madre, cosa che non poteva fare, dato che Kelso glielo aveva proibito. Cox e Kelso si accorgono quindi di essere stati colpiti anche loro dalla gentilezza e per questo se ne vanno arrabbiati.