1995年、規律に縛られた暮らしから逃れるため、主人公・桐生たちはゲームセンター襲撃事件を計画するが、襲った店は神室町を牛耳る堂島組の支配下にあった。四人は堂島組長から事件の落とし前をつけるよう迫られる...。 その十年後の2005年、桐生と一緒に育った錦は堂島組長に、由美はニューセレナのママに、そして桐生は刑務所に服役していた。そうした折、日本最大のヤクザ組織である近江連合の裏金百億が何者かに強奪される。そして、出所することになった桐生は、当初はヤクザに戻ることを拒んだが、警察・伊達から由美や錦に危険が及んでいることが伝えられると、二人を守るため、再び神室町に戻ることを決意する。