西暦1605年。関ヶ原の合戦で、石田三成率いる西軍が勝利し、大坂に豊臣幕府が開かれて数年の時が流れていた。平和な京の都の一乗寺下り松では、総勢50名を超える吉岡一門がムサシ(宮本武蔵)との決闘に臨んでいた。遅れて現れたムサシは、二刀流ならぬ二丁拳銃で、襲いかかる吉岡一門を撃破する。一方、幕府の本拠地・大坂城では、亡き秀吉の養女・カグヤ姫を狙って、空から怪しげな魔物が襲来してくる。奴らは――アヤカシ。その首領・ヤシャは、怪しげな妖術を使ってカグヤ姫を拉致していく。だがその行く手を遮ったのはムサシだった。ムサシは仲間である剣術の達人・ロウニンと共にヤシャからカグヤ姫を取り戻すことに成功するのだった。