Robotnik a monté Knuckles contre Sonic en lui faisant croire que ce dernier s'était emparé de l'une des Émeraudes à des fins personnelles. Dès lors, le hérisson et l'échidné s'affrontent en duel tandis que le savant en profite pour prendre en otage Tails, Amy et Chris. Mais Knuckles, ayant compris s'être fait duper par Robotnik, détruit la machine et envoie valser le savant.