Negyven év fegyverszünet után a cylonok megtámadják Kobol tizenkét kolóniáját. Stratégiájuk: az emberiség védelmi rendszerébe ültetett vírus. Az egykori Battlestar Galactica, amelyet múzeummá alakítanak át, nem kapcsolódik a védelmi rendszerhez, és az egyetlen hadihajó lesz, amely képes harcolni a cylonok ellen, abban a reményben, hogy a túlélőket a „Föld” bolygóra vezeti.