日本初の女性総理候補・朝倉麗(仲間由紀恵)の暗殺計画に関わる内通者だということがバレてしまい、追い詰められたCTU(テロ対策ユニット)第1支部A班の暗号解析係・明智菫(朝倉あき)が自殺を図った! 菫を訊問していたA班チーフ・水石伊月(栗山千明)と暗号解析係長・南条巧(池内博之)は動揺しながらも、菫が病院へ搬送されるのを見届け、それぞれの仕事へ戻る。一方、麗を暗殺しようとした実行犯と間違われ、警察に追われる身となったA班の班長・獅堂現馬(唐沢寿明)は逃亡を続けるも、あちこちに張り巡らされた検問のせいで身動きが取れないでいた。