前シーズンで、長年プラトニックな関係にあったカディとようやく結ばれたものの、結局別れることとなり、自暴自棄になったハウスはカディの家に車で突っ込んでしまう。ファイナル・シーズンは、事件から1年後、刑務所で模範囚として過ごし仮釈放が目前に迫るところから幕を開ける。刑務所でも一騒動起こすが、なんとか職場復帰を果たすも元恋人で院長カディの姿はなく、元部下フォアマンが院長に就任していた。ハウスは崩壊していた診断チームに新メンバーのほか元メンバーを呼び寄せ、必死に再建へとこぎつけるが、足首には監視用のGPSバンドを付けられた“犯罪者”としてチームを率いることに。周囲の冷たい視線を浴びながら、診断チームのメンバーたちを以前にも増して振り回すハウス。そんな中、何度も亀裂が入りながらも親友であり続けた同僚ウィルソンとハウスをある衝撃の事態が襲い、2人の関係性がシリーズ終盤の大きな山場となる。果たして、ハウスに心の平穏が訪れることはあるのか? それとも・・・!?