自らの意思で麻陽(柴咲コウ)を護るために戦い始めたロイド(木村拓哉)は対峙した刑事の葦母(遠藤憲一)から撃たれて負傷した体で、麻陽に襲い掛かった暗殺者・フレミングを抹殺。そのためにロイドは内蔵システムに致命的なダメージを受け、麻陽の目の前で動かなくなってしまう。微動だにしないロイドの姿に麻陽は愕然とするが、そこへ葦母が現れ、ロイドを麻陽のマンションまで運ぶ手助けをしてくれる。葦母の行動に戸惑う麻陽だったが、黎士(木村拓哉/二役)の妹・七瀬(大島優子)ならロイドを修理する手立てが見出せるのではと考え、七瀬に連絡をするが冷たくあしらわれてしまう。すると葦母は、麻陽の部下で自分と一緒にロイドの周辺を調べていた星(桐谷健太)なら修理できるかもしれないと言い、マンションを後にする。一方、葦母から連絡を受けた星は、公安上層部の幹谷(鶴見辰吾)らと面会。星は幹谷から、“ARX II-13(ロイド)は未来に大きな災いをもたらす”と説明を受け、さらに“修理をするフリをしてロイドを抹殺して欲しい”と頼まれる。そして、葦母に頼まれたとやってきた星を麻陽はロイドのいる部屋に星を招き入れ…。