2089 n.Chr. - 80 jaar zijn verstreken sinds de Eerste Ruimteoorlog de levens van zowel mensenrassen als Zentraedi-rassen veranderde. Beide rassen leven in vrede op aarde wanneer een nieuw buitenaards ras genaamd de 'Marduk' in het zonnestelsel verschijnt. Terwijl hij verslag doet van de eerste strijd tussen de VN Spacy en de Marduk-vloot, ontdekt SNN-rookie-verslaggever Hibiki Kanzaki Ishtar, een 'emulator' die de gevechtsvaardigheden van de Marduk verbetert door te zingen. Hibiki brengt Ishtar naar de aarde om haar de waarden van het leven en de cultuur te leren. Samen met Valkyrie-piloot Silvie Gena moeten Hibiki en Ishtar een manier vinden om de aarde te redden van de totale vernietiging door de Marduk-leider Ingues.