Escono di scena Vittoria Guerra e Giuseppe Ingargiola, i quali vengono trasferiti nel commissariato di Bolzano. Il vicequestore aggiunto Luca Benvenuto è in procinto di essere trasferito in un Commissariato di Torino in seguito a una promozione. Il nuovo dirigente del commissario sarà Leonardo Brandi, vecchio amico di Luca che ha vissuto per anni in Germania. New entries anche Paolo Calabresi nel doppio ruolo del sovrintendente Otello Gagliardi e del fratello gemello Ottavio, e Maria Amelia Monti, nel ruolo della sovrintendente capo-psicologa Anita Cherubini, e Ninni Bruschetta nel ruolo del capo della Squadra Mobile Marco Gallo. La stagione si apre con Leonardo Brandi, che si trova in Germania per un'indagine delicata, che si conclude con una sparatoria nel ristorante in cui egli lavorava sotto copertura e con la fuga di un pericoloso criminale, di cui peraltro Leo ha ucciso il figlio nella stessa sparatoria, Antonio Corallo, che porta con sé una valigetta con 100 milioni di euro in contanti. Leo, dopo la sparatoria, decide di tornare dalla sua famiglia a Roma ed è chiamato a sostituire Luca Benvenuto alla guida del X Tuscolano, che, prima della partenza del loro capo, deve fare i conti con la fuga di un carcerato, Rocco Liverani. Mentre tutti sono sulle sue tracce e Leo aiuta il distretto anche prima di entrare effettivamente in servizio, Luca segue un'altra pista per cercare di arrestare il pericoloso criminale: si reca infatti da una prostituta, Ekaterina Ratnikova, che conosceva bene Liverani, per cercare di capire dove potesse nascondersi l'evaso; la donna però non sa nulla, ma fa a Luca il nome di una escort che potrebbe avere qualche informazione su di lui, Mara Fermi; a questo punto si reca all'Appia Sporting, dove solitamente si trova Mara, ma per una fortuita coincidenza si imbatte in un'altra persona: si tratta di Antonio Corallo, il pericoloso criminale sfuggito a Leo due mesi prima in Germania, che si fa trovare da Luca con i 100 milioni. Corallo spara a Luca, prima ferendolo e poi uccidendolo. Incominciano così le indagini del X Tuscolano per cercare l'assassino di Luca, ma sembra tutto a un punto fermo, nonostante Anita Cherubini abbia cercato di stringere un rapporto con Mara, la escort che Luca stava cercando prima di morire. Leo, intanto, scopre che la sua ex fidanzata Valentina Bini, incontrata nuovamente dopo quasi trent'anni, è un'escort ed è amica di Mara. Solo dopo che Corallo vede Leo con Valentina, le indagini sulla morte di Luca cominciano ad arrivare una svolta: Corallo non esita a vendicarsi e usa Valentina per uccidere Brandi, ma senza successo, grazie all'intervento di Pietro proprio mentre Corallo stava per sparare al commissario Brandi. Incrociando i dati sulla morte di Luca e la sparatoria a Leo, gli agenti scoprono che chi ha ucciso Luca e chi ha tentato di uccidere Leo sono in realtà la stessa persona e solo dopo aver parlato con Valentina, Leo scopre che questa persona è proprio Corallo, che intanto, sembra essere scomparso nel nulla, insieme con i 100 milioni e alla sua barca. In realtà l'uomo è più vicino di quanto si creda. Alla fine Corallo decide di uccidere Brandi usando proprio il figlio del commissario, ma proprio mentre entra nell'hotel dove con un inganno si era recato il figlio del commissario, Brandi capisce tutto grazie a una telefonata e arriva in tempo in hotel. Incontrato Corallo, Leo gli intima di gettare la pistola, ma Corallo preferisce uccidersi. Proprio mentre si punta la pistola alla gola, interviene il capo della mobile e miglior amico di Leo Brandi, che spara sulla mano di Corallo, facendogli cadere la pistola, e arrestandolo dopo averlo ferito.